Naprapatbehandling kan dels utføres som en direkte behandling rettet mot strukturen eller funksjonen som forårsaker pasientens symptomer, eller som en indirekte behandling rettet mot området eller områdene som igjen påvirker strukturen eller funksjonen som gir opphav til pasientens symptomer.
Den kliniske vurderingen, der det også tas hensyn til pasientens individuelle forutsetninger, er avgjørende for hvordan naprapaten velger å kombinere de ulike naprapatiske behandlingsteknikkene på en måte som er optimal for pasienten. Dette innebærer at to individer med samme symptomer kan bli behandlet på ulike måter ut fra sine individuelle forutsetninger.
Ved valg av behandlingsterapi er det også viktig å vurdere eventuelle risikoer ved behandlingen for hver enkelt pasient. Disse vurderes ut fra anamnesen, undersøkelsen og den kliniske vurderingen som er gjennomført. Supplerende undersøkelser må noen ganger utføres for å stille diagnosen eller for å avgjøre om en bestemt behandling er hensiktsmessig. En av naprapatiens styrker er bredden i behandlingsteknikker, noe som betyr at det er store valgmuligheter for å bruke ulike teknikker ved samme type skade.
En annen viktig avveining naprapaten gjør ved valg av behandling, er å fastslå hvor i helingsprosessen (akutt fase, subakutt fase osv.) individet befinner seg. Det tas også hensyn til om plagene er tilbakevendende og/eller om det ligger en underliggende patologi til grunn. Det betyr at behandlingen som gis ved ett tilfelle, ikke nødvendigvis er den samme ved et annet. Selv om det er samme skade som tidligere har forårsaket pasientens symptomer og blitt behandlet effektivt med en bestemt metode, kan forutsetningene være annerledes. For å oppnå et godt behandlingsresultat ved en senere anledning, kan en annen behandlingsstrategi være nødvendig.
De fleste skader har et naturlig helingsforløp dersom kroppens evne til å lege seg selv er intakt. Hvis dette ikke er tilfelle, bør tiltak i form av behandling og rehabilitering settes inn i tide for å stimulere helingsprosessen.
Behandlingsplanen baseres altså på en lang rekke faktorer, som hvilken struktur som er skadet, hvilken funksjonsendring som foreligger, skadens omfang, symptomenes intensitet og utbredelse, hvor i helingsforløpet pasienten befinner seg, den generelle helsetilstanden (inkludert både fysisk og psykisk helse), individets forutsetninger osv. Behandlingen utformes med ulike kombinasjoner eller valg av naprapatiske behandlingsteknikker, som manipulasjon og mobilisering av ryggraden, nervemobilisering og ulike typer bløtvevsbehandlinger, og suppleres vanligvis med trenings- eller rehabiliteringsprogrammer og eventuelt ergonomisk rådgivning.
Naprapaten forsøker å hjelpe pasienten med å skape en balanse mellom bevegelighet, styrke og koordinasjon for slik å kunne opprettholde en optimal nevromuskuloskeletal funksjon.
